一些制药生产车间，如胶囊药的净化车间，在同一洁净区内设有不同相对湿度的洁净室。因此，应控制相对干燥的洁净室，相对相邻的洁净室应处于正压状态，以避免湿空气流入干洗室。青霉素等高致敏药品车间和粉末接触洁净室应保持相对负压。
控制制药厂各洁净室压差的目的是保证洁净室的正常运行或平衡受到暂时破坏时，空气能从高洁净区流向低洁净区，使洁净室的洁净度不受污染空气的干扰。洁净室压差控制是制药厂洁净厂房净化空调系统设计的重要环节，是保证洁净区洁净度的重要措施。
洁净区内各洁净室风量均保持正压差，需由室外新风补充。因此，洁净室正压差风量的大小直接影响净化空调系统的新风率和能耗。洁净区内各洁净室保持负压差的压差风量，由洁净室渗入洁净室。在许多情况下，它是没有经过净化处理的室外空气。
因此，洁净室负压差风量的大小直接关系到负压洁净室的洁净度。目前计算洁净室压差和风量的常用方法有间隙法和换气率法。缝隙法是根据门窗等缝隙的总长度来估算洁净室的压差和风量。但在实际应用中，对门窗等缝隙数量的统计工作比较繁琐，容易造成误差和遗漏，因此很少使用。
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